现在药物米非司酮的剂量只有初始剂量的1/4～1/3，所以副作用不明显，主要是加重早孕反应和疲劳。前列腺素的副作用主要是胃肠道反应，如恶心、呕吐、腹泻、子宫收缩引起的下腹疼痛等，还有的患者有发热、头晕、皮肤潮红、刺痛等。为了预防或治疗胃肠道副作用，可以在用药前后服用复方苯乙肼或胃复安。但要避免使用消炎痛、氟米沙星或水杨酸制剂对抗前列腺素。
米非司酮可使少数孕妇流产。80%的孕妇在使用前列腺素后6小时内排出绒毛膜囊；约10%在服药后1周内排出。因此，只要有出血，就必须注意排出的情况。如果在家里排出的是组织，必须带去看医生，以确定是否是绒毛膜组织。根据是否排出胎卵，在用药后8至15天内按照医生规定的时间到用药的医疗机构进行随访，以确定药物的有效性。如果医务人员确定流产失败或不完全流产，则必须进行人工流产以终止妊娠。
虽然在药物流产过程中，胎儿的卵泡会被排出，但子宫内的蜕膜会缓慢排出，所以出血时间较长，平均为18至20天。有些妇女可能会因为大量和长时间的出血而出现贫血或子宫内膜炎和盆腔炎等并发症。因此，药物流产必须在医疗机构进行紧急刮宫手术和输液等，在经过专门培训的医生的筛选指导下，按规定服药、观察和随访，以便及时发现问题，及时处理。在极少数情况下，孕妇出现大出血、腹痛、发热等意外情况时，应紧急到用药的医疗机构就诊。
即使药物流产成功，妇女一切正常，流产后也应采取有效的避孕措施。临床上发现，很多妇女在药物流产后还没有来月经，或者在短时间内没有采取避孕措施就再次怀孕。其实，无论是人工流产还是药物流产，对孕妇的身体健康和心理都有一定影响，所以还是少做为好。
只有符合以下条件的妇女才能使用药物流产。
患者必须在45天内
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