卵巢恶性肿瘤是女性生殖系统的三大恶性肿瘤之一。由于临床症状隐匿，缺乏有效的早期诊断方法，80%以上的患者在确诊时已经是晚期，死亡率是妇科恶性肿瘤中最高的。肿瘤标志物CA125的特异性不强，有假阳性，所以不能单独用于卵巢癌的筛查。高通量蛋白质组学技术和生物信息学工具为大规模快速筛选卵巢癌生物标志物提供了有力的武器。
蛋白质组和蛋白质组学
蛋白质组一词是由威尔金斯在1994年首次提出的，指的是任何物种的基因组所编码的全部蛋白质。理论上，一个物种只有一套基因组，但人体有许多细胞群，不需要整个基因组的表达，也不需要不同的细胞群表达相同的蛋白质组来完成一项功能。蛋白质组表达的动态变化可能来自DNA变异、mRNA剪接、转录后修饰和基因表达的功能调节。蛋白质组学是以蛋白质组为基础，通过适当的蛋白质分析技术对生物体特定状态下所有蛋白质的表达进行研究。
蛋白质组学研究包括以下三个方面：（1）蛋白质的大规模鉴定和转录后修饰的微观特征；（2）差异显示蛋白质组学，比较疾病和正常状态下蛋白质表达的差异，以寻找疾病诊断的生物标记；（3）蛋白质与蛋白质相互作用的研究。
筛选肿瘤标志物
治愈肿瘤的关键在于早期诊断，而寻找具有诊断价值的特定肿瘤标志物是蛋白质组学研究的重点之一。为了明确血浆蛋白谱的变化是否可以作为卵巢癌的早期检测指标，Rai等人收集了43名手术前血浆卵巢癌患者（11名I期，3名II期，29名III期）和38名非癌症对照组的血浆标本，分析了这些标本的蛋白表达谱的生物学信息，建立了三种生物学标志物，并与CA125进行比较。
结果显示，虽然单一的生物标记物在预测卵巢癌方面都不如CA 125敏感，但三者与CA 125的组合显示出94%的特异性，同时也显示出94%的敏感性，明显优于单独的CA 125，表明蛋白质组学可以有效选择卵巢癌的生物标记物。
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