此症患者一般无明显临床症状，一般为婚后不育就诊而被发现，即使存在临床症状也是引起畸形精子症的病因造成的症状，而不是畸形精子症本身形成的症。
1.引起全身不适:出现倦怠乏力、纳食不香、腹胀闷等,时而出现腰膝酸软等症,或伴有精索静脉曲张可有睾丸坠胀表现。
2、局部症状:部分患者会出现性功能障碍等。
3、精子结构缺陷:人类精液中约96%精子在光学显微镜下形态异常,若异常精子百分比较高,则穿透言颈粘液的精子数减少。精子的结构畸形也可使精子受精能力降低。
4、精液粘稠或迟缓液化:精液射出体外,在30分钟内不液化或液化不全，则为精液迟缓液化,多提示有精囊、前列腺病变。
5、男性附属性腺感染,不仅可引起精道梗阻,而且损害了附属性腺功能，导致精液成分的改变，而影响精子的生存环境,影响精子形态和存活率而引起不育。精液中高浓度革阴性细菌损害精子的活动力,性传播所致病体可引起生殖障碍。
6、无精子与精子减少:如果各项精液检察,仅含前列腺液、精囊分泌物,而无精子存在,此为无精症。无精子症有先天性睾丸发育障碍和后天睾丸严重病变,其睾丸生精细胞萎缩退化不能产生精子,此外若性生活过频，也可产生暂时性精子减少。
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