生化妊娠的原因目前尚不明确，影响因素是多方面的，常见的有以下几种：
1.受精卵本身有缺陷;
男女双方的染色体异常常常会出现生化妊娠，除了生化妊娠，早期流产一半以上的原因也是染色体异常。想要避免这种现象引起的生化妊娠，不妨早期查查染色体。
2.卵巢黄体功能不全，孕酮分泌不足;
内分泌紊乱，致激素水平出现异常，促使生化妊娠的发生。如果怀疑自己的内分泌有问题，女人可以查下激素六项。
3.子宫因素，如子宫发育不良、子宫黏膜下肌瘤、子宫内膜息肉、宫腔粘连、子宫内膜结核等影响受精卵着床;
子宫发育不良、子宫粘膜下肌瘤、子宫内膜息肉、宫腔粘连、子宫内膜结核等影响着受精卵的着床，因而发生生化妊娠。可以做宫腔镜，直观清楚的观察子宫内病变情况。
4.免疫因素，包括同种免疫和自身免疫，目前尚不明确;
有两种免疫情况影响受孕，同种免疫和自身免疫，均会影响受精卵结合或着床，出现生化妊娠。可以通过验血检查免疫抗体、封闭抗体。
5.精神过度紧张，尤其是因未孕而严重的焦虑，心理压力过大等。
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