人们很早就知道，使用强力泻药很容易导致流产。怀孕期间经常发生便秘，但过去使用过的泻药不应乱用。在巨大的社会压力下，诸如邻苯二甲酸二甲酯等可导致胎儿畸形的药物的生产已被停止。然而，有些药物对孕妇以外的人是安全的。因此，有许多药物的说明书上标明 “孕妇禁用”。如果医生不仔细阅读说明书或不计算妇女月经的确切时间，有时会给孕妇开这种药物。
已被证实会导致胎儿畸形的药物有邻苯二甲酰亚胺，炔诺酮（黄体酮），羟孕酮（黄体酮），以及对线粒体分裂有拮抗作用的抗癌剂。邻苯二甲酰亚胺醌的生产已经停止了。使用抗癌剂的妇女将不能受孕（有报告称当时正常的父亲受孕的孩子，尽管他们正在服用治疗白血病的抗癌剂）。但是，在强迫流产时可以使用黄体酮。炔诺酮和羟孕酮的使用说明指出，在怀孕早期和中期使用这些药物后出生的女孩的外生殖器可能会变得男性化，但也指出这些药物可以用于强迫早产和习惯性流产，对于不注意的医务人员来说，后果会非常严重。
其他可导致胎儿畸形的药物有抗痉挛药（癫痫患者常用）、华法林（心脏瓣膜移植者常用）、酒精和手术室使用的挥发性麻醉剂。解痉剂可引起兔唇和心脏异常，华法林可引起鼻骨畸形，而酒精可引起生长缓慢、小头畸形、心脏异常和关节紊乱。
最近，酒精量与畸形发生率之间的关系已经得到澄清。如果每天的饮酒量包含60克以上的纯酒精，那么每五个人中就有一个会出现畸形儿。如果在25至60克之间，10个人中会有1个畸形儿。如果低于25克，一般没有影响。此外，越接近受精期，危险就越大。因此，对于每晚喝相当于1瓶啤酒以上的妇女来说，采取避孕措施或只在月经后的10天内喝酒是比较安全的。
手术室里的麻醉剂的危险性只对从事麻醉工作的医生和护士有害，不妨碍接受手术的病人。
此外，为了防止流感引起
或为了
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