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第三代试管婴儿技术可以进行性别选择。但是我们目前的政策不允许没有医学指征的性别选择。因此，目前第三代试管婴儿技术的目的不是进行性别选择，而是筛选出致病基因，阻断致病基因传递给儿子。一些特殊的患者，比如Y染色体微缺失的患者，建议性别筛查，选择生女孩，因为如果生男孩，后代会生病。现在国家放开了二胎。从自然 和自然妊娠的角度来看，男女比例基本趋于平衡，基本不需要使用第三代试管婴儿技术进行性别选择。
第三代试管婴儿不允许做性别选择，对女性要求很高，费用也很高。一次测试的费用在3-4万之间。目前试管婴儿的成功率在20%-30%之间，成功率很低。你可以说明你的情况。大部分不孕症有临床价值。
最新的第三代试管婴儿技术可以消除基因缺陷，处理遗传病。如果夫妻双方都携带遗传病的基因，比如地中海贫血，那么试管婴儿怀上的孩子可能就是患有该病的孩子。按照以前的技术，只有女方先怀孕。怀孕7-8周和4-6个月，取绒毛和羊水检查胎儿是否健康，如果不健康，选择引产。这可能会对女性造成很大的伤害，有的夫妻甚至忍受了几次“痛苦的切割”，仍然无法怀上健康的胎儿。
首先要知道什么是第三代试管婴儿，它又叫“胚胎植入前遗传学诊断”分为PGS和PGD两种技术，第三代试管婴儿的优点主要在于筛选健康胚胎移植，防止遗传病传递，就理论上而言第三代试管婴儿技术是可以选择性别的。
第三代试管婴儿在检测胚胎的遗传物质进行分析时一般采用单细胞DNA分析法，主要是聚合酶链反应(PCR)和荧光原位杂交(FISH)，前者检测男女性别和单基因遗传病，后者检测性别和染色体病。
首先要知道在女方的体内只存在X一种染色体而男方的精子则存在X、Y2种染色体，取决生男孩的染色体是XY，生女孩子的染色体是XX，也就是说 取决于男性的染色体。
而在第三代试管婴儿的流程中，胚胎学家会对发育成囊胚的胚胎进行性染色体筛查，这时候会直接检测胚胎是xx（女孩）还是xy（男孩），然后根据性别选择需要植入到母亲子宫内，这时就能够确定 了。
特别说明美国、泰国第三代试管婴儿技术仅仅只能保证鉴别出胚胎的性别是什么，但无法保证配成的胚胎所有都是男胚或者女胚，也就说可能会存在胚胎全是女胚的情况。
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