复发性自发性流产的病因非常复杂。除了染色体异常、内分泌失调、生殖系统结构畸形和感染外，约60%至70%的患者原因不明。在病因不明的患者中，约30%与自身抗体产生有关，可能是自身免疫性疾病，称为自身免疫性复发性自然流产；此外，约70%的患者可能与对胎儿父系抗原的低反应性有关，称为异体免疫性复发性自然流产。近年来，医学界对复发性自然流产的免疫学因素的研究工作取得了很大进展。
胚胎可以被认为是具有50%父系遗传物质的同源性自然移植，并具有异体和自体移植的特点。胎儿及其附属物不会被母亲排斥，可以在子宫内发育成熟，母亲必须形成免疫耐受。在正常妊娠期间，母体免疫功能发生变化，形成一个主要由特异性免疫抑制剂（封闭性抗体、抑制性T细胞）与非特异性因素（雌激素和孕激素、人药名略、人胎盘催乳素、促代谢因子、妊娠相关的血浆蛋白等）组成的免疫维持系统。各种免疫学因素通过有机协调参与维持妊娠。如果母体免疫平衡失调，排斥反应增加，就可能导致流产。
阻断性抗体
最近的研究证实，在人类成功怀孕的母亲中存在禁闭抗体，而在复发性自然流产的病人中则没有这种抗体。对于没有产生足够的封闭抗体的流产患者，用供体白细胞或配偶白细胞免疫可以成功诱导封闭抗体，再次怀孕的成功率约为80%。研究表明，封闭抗体的使用是人类成功妊娠的重要前提，并参与了从妊娠开始到结束的母体-胎儿免疫调节机制。夫妻间组织相容性白细胞抗原的高度相似性，导致母体对胚胎中父体抗原的免疫识别，可能是导致反复自然流产的原因之一。研究发现，复发性自然流产的夫妇中，具有共同的组织相容性白细胞抗原DR的几率明显高于正常生育的夫妇，具有共同的组织相容性白细胞抗原A和组织相容性白细胞抗原B的几率也明显高于正常生育的夫妇。
细胞因子异常
功能分化的
因此，研究人员认为，成功的怀孕也是由T辅助2细胞主导的，而T辅助l类细胞因子则对胚胎有害。国外学者通过分析9名接受针对丈夫淋巴细胞免疫治疗的患者，发现其中7名能够正常怀孕的患者，外周血T辅助l类细胞因子，如白细胞介素2和干扰素-γ减少，而T辅助2类细胞因子，如白细胞介素10，明显增加。国外学者对滋养层组织的研究表明，滋养层具有特殊的免疫学特性，在整个孕期为胎儿提供特殊的植入保护。合胞滋养细胞和细胞滋养细胞都不表达典型的I型或II型HLA抗原，但绒毛外的细胞滋养细胞表达一种非典型的I类主要组织相容性复合物–组织相容性白细胞抗原G。这种抗原具有限制性分布和非 这种抗原的特点是限制性分布和非多态性，它降低了滋养层对自然杀伤细胞介导的、细胞毒性作用的敏感性。
组织相容性白细胞抗原G在人体组织中的异常表达或在其他生物体中接触到组织相容性白细胞抗原G后的细胞因子的异常释放将对滋养细胞的生长产生负面影响并导致流产。
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